Secara geografis Kota Balikpapan terletak di antara 1,0 LS – 1,5 LS dan 116,5 BT – 117,5 BT dan merupakan daerah yang menjadi pintu gerbang setiap orang yang ingin datang ke Provinsi Kalimantan Timur. Hal ini dikarenakan Kota Balikpapan memiliki akses transportasi darat, laut, maupun udara (Bandara Sepinggan, Pelabuhan Semayang, Pelabuhan Petikemas Kariangau, dan Pelabuhan Fery yang merupakan jalur pengiriman logistik antar pulau).

Kota Balikpapan disamping dikenal dengan kota minyak dikenal juga sebagai kota industri perdagangan dan pariwisiata. sehingga sebagai konsekwensi kota industri yang berkembang dan pariwisata maka industri perhotelan dan hiburan juga sangat berkembang dengan pesat di Kota Balikpapan.

Berdasarkan potensi tersebut, Kota Balikpapan dapat menjadi daerah yang rawan akan perlintasan dan peredaran narkoba. Dalam rangka menangkal dan menggiatkan Progam Pencegahan dan Pemberantasan Penyalahgunaan dan Peredaran Gelap Narkotika (P4GN) di bentuklah BNN Kota Balikpapan pada tanggal 07 Agustus 2012. Pembentukan tersebut juga mendasari Nota Kesepahaman antara Pemerintah Kota Balikpapan dan BNN RI yang dilaksanakan pada Tahun 2011 tentang Kerjasama Pelaksanaan Percepatan Pengembangan dan Pembangunan Kapasitas BNN di Daerah.

Diawal terbentuknya BNN Kota Balikpapan berdasarkan Peraturan Kepala BNN Nomor 03 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Laksana BNNP dan BNNK/Kota, dikepalai oleh Drs. I Ketut Rasna dan memiliki komposisi organisisasi sub bagian umum, seksi pencegahan, seksi pemberdayaan masyarakat, dan seksi pemberantasan. Seiring dengan berjalannya waktu, Kepala BNN Kota Balikpapan saat ini dijabat oleh Risnoto,S.H.,M.H. dengan struktur organisasi sesuai dengan Peraturan Badan Narkotika Nasional Nomor 06 Tahun 2020 yaitu Kepala BNN Kota Balikpapan membawahi 1 (Satu) Sub Bagian dan 3 (Tiga) Sub Kordinator; Sub Kordinator Pemberantasan, Sub Kordinator Pencegahan & Dayamas, Sub Kordinator Rehabilitasi dengan kekuatan 33 Pegawai.